Vi ha sede la confraternita del Santissimo Crocifisso, che nel 1565 ottenne dal conte di Modica il beneficio della "Fiera Franca" di 15 giorni per la festa del 3 maggio.

 

Annesso alla chiesa si trovava il convento di san Francesco di Paola.

 

Fu fondata nel 1550 nel nome del Santissimo Crocifisso dal nobile Pietro Tabone, nonno materno del poeta Sebastiano Bagolino (1562-1604). seppellito in questa Chiesa. Nel 1542 il Tabone (a seguito di una sua richiesta) ebbe dal comune di Alcamo un pezzo di terreno allo scopo di costruirvi una Cappella in onore del Santissimo Crocifisso, allora patrono della Città.

 

La cappelletta fu approvata dal Vescovo della diocesi di Mazara del Vallo solo 2 anni dopo la sua costruzione, avvenuta nel 1550; il Tabone aveva il diritto di allargare, demolire e ricostruirla, di poter nominare il Rettore e di fondare la Confraternita del Santissimo Crocifisso.

 

Nel 1575 ci fu una terribile peste: ad Alcamo la popolazione, allora di circa 7700 abitanti, fu dimezzata secondo lo storico alcamese Ignazio De Blasi e molte persone furono seppellite nel cimitero di Sant'Ippolito, nella periferia ovest della città. Essendo i vecchi ospedali di San Vito e Santo Spirito insufficienti per ospitare tanti appestati, fu allestito un nuovo ospedale nella stessa via della cappella.

 

A causa delle difficoltà economiche che non consentivano il completamento della chiesa, gli Amministratori della Confraternita, decisero di assegnare nel 1596 la Chiesa all’Ordine dei Frati Minimi di San Francesco di Paola. Nel 1608 i Padri Minimi accettarono la donazione e costruirono il vicino Convento, che mantennero fino al 1866; dal 1870 fu la sede del Regio Ginnasio e, dopo il 1870, l’Ospedale Civico.

 

I Padri Minimi si distinsero per la loro attività religiosa, ma anche per l'attività sociale svolta nel rione; nel 1780 quarantacinque sacerdoti di Alcamo firmarono una richiesta al Re Ferdinando III, affinché non sopprimesse il Convento così come era capitato qualche anno prima ad altri ordini religiosi. Il Convento non venne chiuso, ma dopo l'Unità d'Italia, Vittorio Emanuele II, Re d'Italia, soppresse tutti gli ordini religiosi e furono sequestrati i loro immobili.

 

Il 15 maggio del 1870 il Comune assegnò il convento agli Amministratori dell’Ospedale S. Vito e S. Spirito. Infine nel 1926 la chiesa venne elevata a parrocchia, intitolata a San Francesco di Paola.